Aby zachować florę i faunę, różnorodność biocenoz i ich mozaikę oraz niepowtarzalne walory krajobrazu i bogactwo form geomorfologicznych, na terenie Parku stosuje się różne sposoby ochrony przyrody. Prawne fundamenty tej ochrony stanowią:
– ustawa z dnia 16 marca 2004 r o ochronie przyrody (tekst jedn. Dz. U. z 2004 r. nr 92 poz. 880);
– rozporządzenie Rady Ministrów z 16 stycznia 1959 r. w sprawie utworzenia Kampinoskiego Parku Narodowego (DzU nr 17 z 1959 r., poz. 91);
– rozporządzenie Rady Ministrów z 25 września 1997 r. w sprawie Kampinoskiego Parku Narodowego (DzU nr 132 z 1977 r., poz. 876);
– plan ochrony Kampinoskiego Parku Narodowego.
Obszary ochrony ścisłej
Ochrona ścisła (bierna) polega na całkowitym pozostawieniu wytypowanego obszaru siłom przyrody i sprowadza się do zaniechania jakiejkolwiek ingerencji człowieka. Ochroną tą w Parku objęto 22 obszary. Są to dawne tzw. rezerwaty ścisłe, obecnie określane jako obszary ochrony ścisłej (o.o.ś.), które zajmują łącznie areał 4 636 ha (12% obszaru Parku). Poszczególne obszary mają własne nazwy, określoną stałą powierzchnię i granice oraz sprecyzowany cel ochrony. Ochrona ścisła gwarantuje swobodny przebieg procesów ekologicznych. W ekosystemach leśnych prowadzi to do naturalnej przemiany składu gatunkowego lasu poprzez formy przejściowe coraz bardziej dostosowane do lokalnych warunków klimatycznych oraz glebowo-siedliskowych.
Reintrodukcje zwierząt i roślin
Reintrodukcją nazywamy ponowne wprowadzenie gatunków zwierząt i roślin, które wcześniej na danym obszarze występowały i wyginęły na skutek działalności człowieka.
Jeszcze przed utworzeniem Parku, w 1951 r. został reintrodukowany łoś. W roku 1980 puszczy zostały przywrócone bobry, a w 1992 r. -rysie.
Na terenie Parku reintrodukowane są również rośliny. Przywrócono już Puszczy Kampinoskiej cisa i modrzewia polskiego. Populacje kilku innych rzadkich roślin, takich jak sasanki, zawilec wielkokwiatowy, wężymord stepowy i naparstnica zwyczajna są zasilane przez zbiór nasion, ich wysiew w sztucznych warunkach i ponowne wysadzenie młodych roślin.
Gospodarka wodna
Czynnych zabiegów ochronnych wymaga też odtwarzanie zakłóconych stosunków wodnych. Większość melioracji prowadzona na tych terenach od niemal 200 lat miała charakter typowo odwadniający, co w połączeniu z obniżeniem się poziomu wód gruntowych i małą ilością opadów doprowadziło do przesuszenia wielu obszarów. Prowadzone działania ochronne polegają przede wszystkim na podnoszeniu poziomu wody i zatrzymaniu jej na obszarze Parku przez urządzenia piętrzące na ciekach wodnych (jazy i zastawki). Ostatnio wybudowane jazy zaopatrzone są w przepławki, umożliwiające rybom wędrówkę w górę cieku. Poziom wody podnoszony jest jednak w niewielkim stopniu i tylko w niektórych rejonach. Na większą skalę będzie możliwe dopiero po wykupieniu gruntów od prywatnych właścicieli, gdyż obecnie grozi to podtopieniem gruntów rolnych.
Wykaszanie łąk, odkrzaczanie
Wiele terenów otwartych zajmują półnaturalne zbiorowiska łąkowe, powstałe w wyniku trwającego wiele lat ekstensywnego wykaszania lub rzadziej wypasu. Są one miejscem występowania wielu cennych i rzadkich gatunków roślin, m.in. kilku gatunków storczyków, goździka pysznego, centurii pospolitej oraz rzadkich gatunków ptaków (czajka, kszyk, derkacz)) i owadów (modraszek telejus, przeplatka aurinia). W celu utrzymania otwartego charakteru tych zbiorowisk niezbędne jest wukaszanie oraz przeciwdziałanie naturalnej sukcesji, np. zarastaniu krzewami i roślinnością drzewiastą. Zabiegi te wykonywane są w okresie jesiennym po okresie wegetacyjnym roślin oraz po okresie lęgowym i rozrodczym zwierząt.
Podobny cel ma przerzedzanie drzewostanów w miejscach, gdzie rosną cenne gatunki ciepłolubne – sasanki, wężymord stepowy i wisienka kwaśna. Istotą tego zabiegu jest poprawienie warunków bytowania tym roślinom.
Ochrona krajobrazowa
Niezwykłą cenną wartością Parku jest zachowany w wielu miejscach tradycyjny mazowiecki krajobraz, z mozaiką pół i pastwisk, głowiastymi wierzbami i stawianymi na zimę stogami siana. W celu jego ochrony zostały wyodrębnione 4 strefy ochrony krajobrazowej o docelowej łącznej powierzchni 2 916 ha (7,6% areału Parku). Nie prowadzi się tam wykupu gruntów, ponieważ warunkiem zachowania rolniczego pejzażu kulturowego o znacznym stopniu naturalności, który w otoczeniu aglomeracji warszawskiej w dramatyczny sposób zanika, jest prowadzenie tradycyjnej gospodarki rolnej.
Obecnie powierzchnia terenów objętych ochroną krajobrazową jest znacznie większa i wynosi 7 226 ha. Oprócz stref ochrony krajobrazowej składają się na nią także grunty własności prywatnej, przeznaczone do wykupy na rzecz Skarbu Państwa, które po wykupieniu zostaną objęte ochroną aktywną.
Strefa ochronna, potocznie zwana otuliną,
rozciąga się wokół Parku na powierzchni 37 756,49 ha. Służy ona zabezpieczeniu kampinoskiej przyrody przed niewłaściwym zagospodarowaniem, urbanizacją i przemysłem. Miejscowe plany zagospodarowania oraz lokalizacje nowobudowanych obiektów na terenie strefy ochronnej muszą być uzgadniane z dyrekcją Parku. Na terenie otuliny znajduje się 8 rezerwatów przyrody. Są również niewielkie lasy, które stanowią istotny składnik krajobrazu, a zarazem bufor ograniczający nadmierną i szkodliwą dla przyrody penetrację leśnych obszarów Parku.